Orthobunyavirus émergent chez des vaches laitières : analyses de détection virale

Depuis un mois, des éleveurs laitiers décrivent des épisodes de diarrhée et de chute de production sur leurs vaches, plus ou mois associés à de l’hyperthermie.

La première hypothèse a été une dysbiose digestive liée à la chaleurs mais l’épisode se poursuivant malgré l’accalmie de la canicule, des examens complémentaires plus poussés ont été réalisés, notamment par la plateforme de métagénomique METAPATH de l’école vétérinaire de Toulouse (note en PJ).

A ce jour, une HYPOTHESE de circulation d’un virus, apparenté à celui de Schmallenberg, est émise : cet agent pathogène peut entrainer des épisodes fébriles et des baisses de production dans un premier temps puis des avortements dans un deuxième temps. Ce virus est transmis par les culicoïdes.

Afin de soutenir les travaux de recherche sur cette infection virale émergente, et en attendant le transfert d’une technique PCR validée vers les laboratoires de diagnostic, les prélèvements peuvent être envoyés à l’ENVT, où ils seront traités en priorité.

Le rendu des résultats pourra prendre quelques jours, notamment cette semaine : nous utiliserons une méthode faisant appel au séquençage, puis à des tests PCR de 1ère intention, que nous affinerons et validerons en parallèle. Un transfert de méthode sera proposé dès que possible.

Concernant ces prélèvements :

Critères cliniques d’inclusion : prélèvements d’animaux fébriles et/ou en phase aiguë d’abattement / chute de production. Attention : la diarrhée n’est pas forcément le meilleur critère de sélection des animaux.
Un point important : des avortements sont également rapportés, en décalé : ne pas hésiter à les faire tester SVP pour évaluer ce risque.
(Une fiche commémoratif avec les informations epidémio-cliniques utiles sera également proposée très rapidement)
Prélèvement : sang total sous EDTA (+ en cas d’avortement, adresser également le matériel biologique pour les recherches sur avortements : * foetus => rate, encéphale, liquide amniotique issu des « estomacs » par ponction au vacutainer ou aspiration à la seringue / * placenta => cotylédon
Acheminement par chrono ou express / froid positif : mentionner SVP « Recherche Orthobunya VL »
Adresse de livraison des échantillons (ou via votre LDA – voir procédure départementale)

ENVT – Plateforme METAPATH

Bâtiment 10.2

23, chemin des Capelles

31300 Toulouse

Pour toute question technique sur les analyses et le suivi des résultats : metapath@envt.fr